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Primeiros passos e exemplos por sistema

Source: vignettes/articles/exemplos.Rmd
exemplos.Rmd

Fluxo básico

O uso do microdatasus normalmente segue três passos:

  1. definir o sistema, o período e a abrangência geográfica;
  2. baixar os arquivos com fetch_datasus();
  3. aplicar o processador específico e conferir os tipos, rótulos e diagnósticos necessários à análise.
sim_raw <- fetch_datasus(
  year_start = 2022,
  year_end = 2022,
  uf = "AC",
  information_system = "SIM-DO",
  vars = c("CODMUNRES", "DTOBITO", "CAUSABAS"),
  track_source = TRUE
)

sim <- process_sim(sim_raw)

As funções process_*() normalizam textos e substituem códigos conhecidos por descrições. Datas, quantidades, valores, identificadores e categorias mantêm tipos distintos: por padrão, datas completas são Date, contagens são inteiros e rótulos categóricos são fatores. Use labels = "character" ou "none" para alterar somente a política dos campos categóricos.

As otimizações de datas, textos e relações CNV são automáticas. Para reutilizar dicionários entre sessões em chamadas diretas aos processadores, configure options(microdatasus.cache_dir = datasus_cache_dir(create = TRUE)). labels = "none" mantém os códigos, mas SIA, CNES e SINAN ainda podem acessar dicionários para determinar tipos e relações. Veja Dicionários, cache e processamento em escala para escolher opções e medir o custo com seus dados.

Os argumentos de período e UF identificam as partições publicadas pelo DataSUS. Eles não substituem a escolha da variável temporal ou territorial adequada à pergunta de pesquisa. O livro Sistemas de Informação em Saúde no Brasil apresenta a unidade de análise, a cobertura, os fluxos e os cuidados de cada sistema.

SIM — mortalidade

O Sistema de Informação sobre Mortalidade registra óbitos e tem como documento básico a Declaração de Óbito. O capítulo sobre o SIM discute, entre outros temas, causa básica, causas múltiplas, residência, ocorrência e análise temporal.

Os arquivos SIM-DO são anuais e organizados por UF:

sim_raw <- fetch_datasus(
  year_start = 2021,
  year_end = 2021,
  uf = "RJ",
  information_system = "SIM-DO"
)

sim <- process_sim(sim_raw)

Também podem ser baixados os subconjuntos nacionais SIM-DOFET, SIM-DOEXT, SIM-DOINF e SIM-DOMAT. Passe o mesmo tipo a process_sim(); por exemplo, process_sim(sim_fetal_raw, information_system = "SIM-DOFET"). O padrão continua sendo SIM-DO.

SINASC — nascidos vivos

O SINASC registra nascidos vivos a partir da Declaração de Nascido Vivo. Veja o capítulo sobre o SINASC para conhecer seu fluxo, cobertura e cuidados analíticos.

Seus arquivos são anuais e organizados por UF:

sinasc_raw <- fetch_datasus(
  year_start = 2020,
  year_end = 2020,
  uf = "PR",
  information_system = "SINASC"
)

sinasc <- process_sinasc(sinasc_raw)

SIH — internações hospitalares

O SIH registra internações financiadas pelo SUS por meio da Autorização de Internação Hospitalar. O capítulo sobre o SIH detalha a AIH, a unidade de análise e os limites de interpretação da produção hospitalar.

SIH é mensal, portanto os meses são obrigatórios:

sih_raw <- fetch_datasus(
  year_start = 2019,
  month_start = 1,
  year_end = 2019,
  month_end = 2,
  uf = "PB",
  information_system = "SIH-RD"
)

sih <- process_sih(sih_raw)

process_sih() processa os quatro layouts disponíveis. SIH-RD é o padrão; para os demais, informe o mesmo tipo usado no download, por exemplo process_sih(sih_rj_raw, information_system = "SIH-RJ"). Nos layouts RD e RJ, a função seleciona automaticamente a definição histórica correspondente à competência de cada registro.

SIA — produção ambulatorial

O SIA reúne diferentes instrumentos e layouts da produção ambulatorial do SUS. O capítulo sobre o SIA ajuda a escolher o arquivo apropriado e a interpretar procedimentos, produção e instrumentos de registro.

O exemplo abaixo baixa a produção individualizada SIA-PA de dois meses:

sia_raw <- fetch_datasus(
  year_start = 2020,
  month_start = 3,
  year_end = 2020,
  month_end = 4,
  uf = "RR",
  information_system = "SIA-PA"
)

# FALSE mantém o código do procedimento sem acrescentar seu rótulo
sia <- process_sia(sia_raw, nome_proced = FALSE)

process_sia() processa os doze layouts disponíveis. Informe em information_system o mesmo tipo usado no download; SIA-PA permanece como padrão. Quando nome_proced = TRUE, a função usa a tabela de procedimentos declarada no DEF correspondente. Para PA anterior a 2008, a definição correta é selecionada automaticamente pela competência de cada registro.

CNES — treze layouts cadastrais

O CNES é um cadastro atualizado continuamente. Cada arquivo mensal representa uma posição do cadastro, não um conjunto de eventos ocorridos durante o mês. O capítulo sobre o CNES discute estabelecimentos, profissionais, leitos, equipamentos e mudanças cadastrais. process_cnes() aceita os treze tipos disponíveis em fetch_datasus(): LT, ST, DC, EQ, SR, HB, PF, EP, RC, IN, EE, EF e GM, todos com o prefixo CNES-.

Estabelecimentos:

cnes_st_raw <- fetch_datasus(
  year_start = 2021,
  month_start = 10,
  year_end = 2021,
  month_end = 10,
  uf = "PA",
  information_system = "CNES-ST"
)

cnes_st <- process_cnes(
  cnes_st_raw,
  information_system = "CNES-ST",
  nomes = FALSE
)

Profissionais:

cnes_pf_raw <- fetch_datasus(
  year_start = 2021,
  month_start = 10,
  year_end = 2021,
  month_end = 10,
  uf = "PA",
  information_system = "CNES-PF"
)

cnes_pf <- process_cnes(
  cnes_pf_raw,
  information_system = "CNES-PF"
)

Com nomes = TRUE, a função acrescenta o nome fantasia do estabelecimento usando a tabela CADGER declarada no DEF. O ZIP do TabWin e as conversões usadas ficam em cache durante a sessão. Para CNES-SR, a definição anterior ou posterior a março de 2008 é escolhida pela competência de cada registro.

SINAN — agravos de notificação

Os arquivos SINAN suportados são anuais e nacionais. O argumento uf é ignorado, e a seleção territorial deve ser feita depois do download usando as variáveis adequadas. Consulte o capítulo sobre o SINAN para compreender notificação, investigação, encerramento e diferenças entre agravos.

Exemplo com dengue:

sinan_raw <- fetch_datasus(
  year_start = 2019,
  year_end = 2019,
  information_system = "SINAN-DENGUE"
)

sinan_dengue <- process_sinan(
  sinan_raw,
  information_system = "SINAN-DENGUE"
)

fetch_datasus() e process_sinan() cobrem as 58 famílias apresentadas pela página oficial de transferência. Os valores preferenciais são legíveis, como SINAN-ACIDENTE-POR-ANIMAIS-PECONHENTOS, SINAN-HANSENIASE e SINAN-TUBERCULOSE. Consulte nomes, siglas dos arquivos e aliases com:

subset(datasus_information_systems(), system == "SINAN")

Os antigos identificadores baseados em siglas, como SINAN-ANIM e SINAN-TUBE, continuam aceitos para retrocompatibilidade. As antigas funções process_sinan_*() também continuam disponíveis com aviso de depreciação.

Próximos passos